环保税体系设计新方案已由财政部财政科学研究所上报财政部，在该方案中，碳税不再被视为环保税之下的“二氧化碳”税目，而是独立税种。

财科所副所长苏明透露，财科所最新上报财政部的课题建议，碳税作为单独税种立法并开征，可在“十二五”中后期开征，征税对象包括煤炭、原油、天然气等温室气体排放大户。“环保税、碳税两税齐征并不会影响税率，因而不会导致企业税负过重”。未来碳税税率制定要综合二氧化碳排放量、行业利润空间等因素。

上述课题建议，碳税税源留在中央。“根据财科所建立的模型，从每吨二氧化碳10元的较低税率起步，税率逐步提高”。

在碳税的税收优惠方面，苏明表示，根据实际情况，可在不同时期对受影响较大的能源密集型行业给予一定程度的减税；可对积极采用技术减排和回收二氧化碳并达到一定标准的企业，给予减免税优惠。